Вторжение шведской армии в пределы Российского государства сопровождалось массовым грабежом и насилиями солдатни в отношении мирного населения. Попавшие в плен к шведам русские солдаты поголовно уничтожались. Эти действия поощрялись шведским командованием, интервенты считали, что жестокость по отношению к «еретикам и язычникам», это норма. Так Карл XII в одном из приказов наставлял солдат: «Жители, которые хоть сколько-нибудь находятся в подозрении, что оказались нам неверны, должны быть повешены тотчас, хотя улики были бы неполны, для того, чтобы все убедились со страхом и ужасом, что мы не щадим даже ребёнка в колыбели…». Это была война на уничтожение, и шведские захватчики применили её задолго до Адольфа Гитлера и его «белокурых бестий».
Естественно, что это вызвало народное сопротивление. Крестьяне прятали продовольствие, бежали в лес, уводили в укрытия скот. Создавали партизанские отряды, которые напали на фуражиров, обозы противника. Усиливали эту деятельность и указания русского командования. Царь приказывал уничтожать продовольствие, посевы, дома, устраивать засеки, завалы на дорогах.
9 (20) 1708 года января шведская армия тремя колоннами вступила в Мазовецкие леса. Генерал-квартирмейстер Гилленкрок предупредил Карла, что дороги в лесу в плохом состоянии и там действуют «шайки разбойников». Карла это не остановило. Но как только авангард вошёл в лес, его встретила засека и ружейный огонь, даже шведский король подвергся опасности – пуля сразила солдата его личной охраны. Поисковая партия никого не обнаружила. Разгневанный Карл приказал сжигать все встреченные деревни и убивать всех людей, что и было сделано.
Большой вклад в оборону страны внесли жители Архангельска и Холмогор. Они помогали в охране границы немногочисленным гарнизонам укреплений, строили фортификационные сооружения. В море выходили дозоры поморов. Шведскую границу переходили добровольцы-разведчики. Благодаря помощи местного населения Соловецкий монастырь был превращён в мощную крепость.
В 1708 году при содействии местного населения была сорвана новая попытка уничтожить Петербург. Карл приказал генералу Либекеру командовавшему 14 тыс. корпусом и флоту разрушить новый русский город, пока основные русские силы связаны на западном направлении действиями шведской армии. В конце августа 1708 года генерал Либекер перешёл Неву. Но все запасы продовольствия были сосредоточены в Петербурге, где распоряжался Апраксин. Шведский корпус был окружён враждебным населением – любые мелкие подразделения, отошедшие от основных сил, тут же уничтожались. В сентябре в шведском войске начался голод. Шведский флот не смог преодолеть укрепления Котлина. Либекер не решился атаковать Петербург и в октябре в Копорском заливе стал грузить войска на корабли. Этим воспользовались русские войска, которые атаковали шведов – девять сотен врагов было убито, более ста человек пленили, другие смогли сбежать. В результате план шведов – разрушить Петербург и отвлечь силы Петра от направления Смоленск-Москва, провалился.
На западном направлении, чем дальше продвигались шведы, тем сильнее разгорался огонь народной войны. Примерно, с середины 1708 года действия партизанских отрядов были скоординированы с операциями русской армии. Русское командование создаёт летучие отряды из драгун и иррегулярной кавалерии. Они действовали самостоятельно, в отрыве от основных сил. Летучие отряды были должны собирать сведения о враге, захватывать «языков» и наносить урон противнику.
Иногда партизаны проводили целые операции, достойные регулярной армии. Так белорусские партизаны у Зелёной Пущи (в районе города Сморгонь) остановили и разгромили шведский отряд численность более 4 тыс. человек. Был захвачен шведский обоз. Действия литовских и белорусских партизан были настолько успешными, что путь от Гродно до Головчина занял у шведов около 5 месяцев, вражеская армия продвигалась по 4-6 км в сутки. Шведы отвечали кровавым террором, как отмечалось в русских документах, мужиков мучили, вешали и жгли, чтобы те показали «ямы хлебные». После Головчина шведы заняли Могилёв, город был подвергнут разграблению и разрушению.
Попытка шведом пробиться к Смоленску провалилась. Шведский авангард был разгромлен у села Доброе - 30 августа (10 сентября), затем у Раевки - 9 (20) сентября 1708 года. Летучие отряды драгун и партизаны не давали фуражным частям шведов отдаляться от основных сил, быстро уничтожая отдельные подразделения. Шведское командование решило отходить в Северскую землю. Основной причиной этого решения шведы назвали трудности в добывании продовольствия. Карл признал, что есть полки, которые не видели хлеба три недели. Французский полковник Безенвальд, бывший при шведских войсках, писал, что «голод в армии растёт с каждым днём», русские сожгли при приближении шведов всё.
Карл предпринял попытку опередить русские войска и занять город Стародуб – к нему в середине сентября был направлен 4 тыс. отряд генерала Лагеркрона. Но, проводники – местные жители, завели шведов в дремучий лес. Шведский отряд заблудился и потерял время, когда шведы подошли к городу, туда уже пришёл русский отряд. Лагеркрон стал отходить, 29 сентября (10 октября) горожане воодушевлённые присутствием русских войск, вместе с ними атаковали шведов и разгромили врага. Остатки шведского отряда спешно бежали к основным силам. Это было серьёзное поражение - Стародуб был стратегическим городом, через него шли пути из Украины в Россию. В октябре шведы совершили повторную попытку захватить Стародуб, но были отбиты, потеряв 1 тыс. человек. В Стародубской же земле действовал 3 тыс. отряд старообрядцев, которые бежали от преследования властей в местные леса из Центральной России. В октябре-ноябре 1708 года партизаны-старообрядцы успешно били врага, отправляя пленных и трофеи к Петру. Царь в знак заслуг старообрядцев закрепил за ними ряд земель и поручил управление старообрядческими слободами специальной конторе.
Старались помогать русской армии и в других городах. К примеру, в Новгород-Северском гетман-предатель Мазепа подготовил для шведов продовольственные и военные запасы. Гарнизоном в городе стоял полк сердюков (части из наёмников, личная гвардия гетмана) и две сотни простых казаков. Простые казаки были настроены враждебно к мазепинцам и запросили помощи у Петра. Когда подошёл русский отряд, они вместе с солдатами обезоружили сердюков и сами уничтожили тех, кто оказал сопротивление. Новгород-Северский стал опорным пунктом русской армии. В конце октября гарнизон отбил атаку 7 тыс. отряда Левенгаупта.
Население Украины не поддержало Мазепу, партизанская война продолжалась. 25 октября (5 ноября) 1708 года, когда Мазепа перешёл в лагерь шведов, отряд Меньшикова занял Бутурлин, где были сосредоточены продовольственные и военные запасы. Народ не прельстился посулами Мазепы и шведов. Дела оккупантов были красноречивее слов – шведы не щадили даже женщин и детей. В результате шведская армия не смогла получить на Украине тёплый приём и хорошо отдохнуть на «зимних квартирах». Шведы топтались в районе Новгород-Северской земли - Ромны и Прилуки, пригодные для отдыха, были заняты русскими войсками. Обозлённый неудачами Карл в январе 1709 года решил взять штурмом город Веприк. Осада длилась около 50 дней. Небольшой отряд (1100 солдат и несколько сот казаков) и жители местных деревень отчаянно отбивали атаки врага. 6 (17) января был отбит общий штурм, при этом было убито три шведских полковника и много других офицеров, контужен фельдмаршал Реншильд. Шведская артиллерия не могла внести перелом в осаде – жители поливали вал водой, ледяная броня отражала вражеские ядра. Крепость сдал полковник Фермор – 7 (18) января. Хотя можно было ещё держать оборону. Шведы потеряли при этой осаде около 2 тыс. человек и значительное число офицеров. Веприк был разграблен и сожжен.
Провалилась попытка шведов прорваться в Слободскую Украину. В районе Красного Кута в феврале 1709 года шведы были разбиты. Русские отряды и местное население держались за каждый населённый пункт. Не удалось и поднять Украину на борьбу с Русским государством. При Мазепе вскоре осталось всего до семи сотен человек.