Тайная подготовка к резне русских солдат и офицеров, а также членов их семей, велась по приказу Костюшко еще задолго до начала его мятежа. Во главе варшавской организации заговорщиков стоял сапожник, член городского магистрата Ян Килинский. В ночь на 17 апреля 1794 года он раздал жителям Варшавы 6 тысяч злотых и пообещал, что все имущество убитых русских достанется им.
Эти события русский писатель-декабрист Александр Бестужев-Марлинский описывает так:
«Тысячи русских были вырезаны тогда, сонные и безоружные, в домах, которые они полагали дружескими. Заговор веден был с чрезвычайною скрытностью. Ксендзы тайно проповедовали кровопролитие, но в глаза льстили русским. Вельможные паны вербовали свою буйную шляхту, а в городе пили венгерское за здоровье Станислава, которого мы поддерживали на троне. Хозяева точили ножи, но угощали беспечных гостей, что называется, на убой; одним словом, все, начиная от командующего корпусом генерала Игельстрома до последнего денщика, дремали в гибельной оплошности. Знаком убийства долженствовал быть звон колоколов, призывающих к заутрене на светлое Христово воскресение. Раздались они — и кровь русских полилась рекою. Вооруженная чернь, под предводительством шляхтичей, собиралась в толпы и с грозными кликами устремлялась всюду, где знали и чаяли москалей. Захваченные врасплох, рассеянно, иные в постелях, другие в сборах к празднику, иные на пути к церкви, они не могли ни защищаться, ни бежать и падали под бесславными ударами, проклиная судьбу, что умирают без мести. Некоторые, однако ж, успели схватить ружья и, запершись в комнатах, в амбарах, на чердаках, отстреливались отчаянно; очень редкие успели скрыться».
Горожанам активно помогала и польская армия, хотя война России объявлена не была. Даже личная гвардия короля, вопреки его приказу, бросила свои посты во дворце и отправилась резать русских, выкрикивая столь популярный сегодня в соседней стране лозунг: «Москалей — на ножи!».
В ходе резни было убито 2265 человек, ранено 122. Кроме того поляки захватили во время церковного богослужения безоружных 161 офицера и 1764 солдата Киевского гренадерского полка. Пленные русские солдаты позже были зверски убиты в темницах, а офицеры, их жены и дети были оставлены в живых — их поляки рассчитывали обменять или получить за них выкуп. Вопреки всему, половине русского гарнизона удалось вырваться из Варшавы. Командующего генерала Осипа Ингельстрома вывезла из Варшавы его любовница графиня Гонората Залусская, переодев своим слугой.
В ночь на 23 апреля 1794 года соратник Костюшко полковник Якуб Ясинский устроил такую же резню русских в Вильно, был захвачен в своей квартире командир гарнизона Николай Арсеньев, 50 офицеров и около 600 солдат.
Узнав о происшедшем в Варшаве, Тадеуш Костюшко отправил в Варшаву курьера, который 1 мая доставил депешу. В ней генералиссимус одобрил все действия в Варшаве, поздравил своих соратников с победой и присвоил руководителю резни Яну Килинскому звание полковника. За резню в Вильно Якубу Ясинскому было присвоено звание генерал-лейтенанта 11 мая 1794 года.
Среди взятых в плен в Варшаве находилась Прасковья Гагарина (урожденная Трубецкая) с пятью детьми, самому старшему из которых было 7 лет, а младшей не было и года. Ее мужа, генерала Федора Гагарина, толпа разорвала на куски прямо на улице. Она была беременная и попросила Тадеуша Костюшко освободить ее и детей. Тот, кого польские историки именуют «последним рыцарем Европы» ответил ей категорическим отказом. Пришлось ей рожать в плену. Освободили ее и шесть детей только в ноябре 1794 года войска Суворова, который, кстати, сразу же после взятия Варшавы отпустил по домам 6000 здоровых польских солдат, а, в ответ на просьбу короля освободить одного офицера его гвардии, были освобождены 500.
Интересно, что упоминания о резне в Варшаве и Вильно выбиты среди великих побед польского оружия на мраморных плитах Могилы неизвестного солдата в Варшаве. Вместе с ними указаны и такие победы, как взятие Москвы в 1610 году и Берлина в 1945, а также Бородино в 1812, где поляки воевали на стороне Наполеона.
В 1812 году поляки вытащили из могилы в Успенском соборе Кремля мощи одного из символов борьбы против польских интервентов в 1612 году, патриарха Гермогена, и порубали их саблями. По этому поводу Тадеуш Костюшко заявил, что польские рыцари доказали, что даже смерть не может спасти москаля от польского возмездия.
Позднее большевики назвали в Ленинграде улицу именем Костюшко. На одной из хрущевок там установлена мемориальная доска, которая сообщает, что «улица названа в честь героя польского национально-освободительного движения и руководителя восстания 1794 года». Против кого были эти движение и восстание, с кем воевал этот герой и руководитель, не указывается.